在東京灣進行航海訓練的神盾號《急勁號》，正面臨著日本戰後最大危機。從沖繩美軍基地被竊取的化學武器《CUSOH》，被某國的情報員帶到艦上。班長仙石獲得此情報時，艦長已經命喪敵方之手。後來副艦長宮津二佐卻命令全體人員離開軍艦。苦思不解離開的仙石，意外地發現，與庸方（Yon Fa）聯手反叛國家的居然是副艦長宮津。 防衛廳情報局（DAIS）的內事本部長渥美不斷地思考對策，但是擁有最尖端防衛系統的《急勁號》，沒有絲亳破綻可趁隙而入，整個首都變成人質，而日本政府卻束手無策。此時，仙石卻悄悄的獨自一人返回艦上……